①細胞診の結果で正常か異常か判断しきれない場合

子宮頸がん検診でASC-US（ベセスダ分類）の結果が出た場合、ハイリスクHPV感染の可能性が50％程度あるとされており、HPV簡易ジェノタイプ判定検査にて感染の有無を判断します。
陰性の場合は年に1回の検診で十分ですが、陽性の場合は軽度以上の異形成病変が存在する可能性があるため、保険適用でコルポスコピー検査や組織検査を受ける必要があります。

コルポスコピー検査により、軽度または中等度の異形成（CIN1またはCIN2）と診断された場合

感染しているHPVの型によって、軽度～中等度異形成の場合は経過が異なることが分かっています。そのため、HPV-DNA型判定検査を実施し、その結果に基づいて適切な治療（例えばレーザー治療）や経過観察の感覚を設定します。（検査は 保険が適用されます。）

CIN2/3（中等度異形成〜上皮内がん）の術後再発のマーカーとして使用する

レーザー蒸散術や円錐切除術をCIN3に対して行った場合、約80％の確率でHPV検査が陰性になります。再発のリスクはこのような場合ほとんどありません。
しかし、HPV検査が陽性の場合、約50％の確率で再発するとされており、術後の経過観察は通常よりもしっかりと行われます。